Skip to content

A cytology tool to extract informations from cell pictures

License

Notifications You must be signed in to change notification settings

evariste-dlr/cyto-tool

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 

History

2 Commits
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

Classification de cellules basée sur les contours

Projet Master 1 - 2015-2016
Université de Caen Normandie
Auteur : Évariste Daller

Projet réalisé en C++ avec Qt et OpenCV.

Description

Logiciel d'extraction d'informations pour la cytologie, et principalement de descripteurs graphiques (basés contours) permettant la classification de cellules.

Les informations pouvant être extraites sont de deux natures :

  • Population de cellules (comptage)
  • Descripteurs de formes

Population de cellules

Un outil de comptage des cellules est proposé, basé sur un seuillage (seuil manuel ou méthode d'Otsu), suivit d'un comtage des contours externes observés.

Ci-dessous les étapes clés de la détection :

comptage de cellules

Descripteurs de forme

Deux descripteurs de forme basés contours sont implémentés. Les contours sont extraits à l'aide d'un outil de pointage et d'une croissance de région.

contours

Signature polaire

Le premier descripteur est la signature polaire de la cellule sélectionnée.

signature polaire

Descripteurs de Fourier

Il s'agit de conserver les n premiers coefficients de Fourier obtenus par une FFT sur la variation de l'orientation de la tengente au contour.

Pour un cercle, cette variation une constante dépendant du rayon du cercle. Le descripteur quantifie la variation par rapport au cercle.

Plus d'informations dans les slides (doc/slides-soutenance.pdf) et le rapport (doc/Rapport_DALLER.pdf).

Crédits

Le logiciel utilise deux widgets externes à Qt :

  • QtOpenCVViewerGl (Licence GNU Lesser GPL 3) : Github
  • QcustomPlot (Licence GNU GPL 3) : Gitlab | site web

About

A cytology tool to extract informations from cell pictures

Resources

License

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

No packages published