forked from Vdesnoux/Solex_ser_recon
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# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Fri Dec 25 16:38:55 2020
Version 20 mai 2021
@author: valerie
Front end de traitements spectro helio de fichier ser
- interface pour selectionner un ou plusieurs fichiers
- appel au module inti_recon qui traite la sequence et genere les fichiers fits
- decalage en longueur d'onde avec Shift
- ajout d'une zone pour entrer un ratio fixe et un angle de tilt fixe. Si reste à zero alors il sera calculé
automatiquement
- sauvegarde fichier avec pixel shift in filename if shift<>0
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
version 16 sept 2021 - antibes
- back to circle display of black disk, not ellipse to really check deviation from circle
- adjust black disk size versus disk edge with disk_limit_percent variable
version 12 sept 2021 - antibes
- affichage disque noir et seuils protus sur suggestion de mattC
Version 8 sept 2021
- gestion erreur absence nom de fichier
- disque noir plus grand de 97% a 98 %
- ne sauve plus les fichiers fits intermediaires par defaut (_mean, _tilt et _flat)
Version 19 aout 2021
- suppression des flags dans la GUI pour simplification
- ajout '_' pour avoir fichier en tete dans explorer/finder
- ajout de _dp pour valeur de decalage différente de zéro dans noms de fichier pour eviter d'ecraser le precedent traitement
Version 16 juillet 2021
- remplacement des methodes des limbes par fit_ellipse
- modification code avec code de Doug & Andrew Smith pour acceleration stupefiante
o vectorisation dans calcul extraction des intensités pour reconstruction du disque
o vectorisation dans le calcul de slant, qui est en fait un calcul de tilt
- fichier ini a la racine du repertoire ou est le script (etait en dur)
- ajout d'un flag pour afficher ou pas le disque noir dans image png ayant les seuils adequats pour les protus
To be noted... image fits data are the image pixels value, no change of dynamic, no thresholding. Only png images are thresholded.
Black disk is a python graphic overlay, not burned into images. Circle data are logged for ISIS processing.
"""
import numpy as np
import cv2
import os
import sys
import Inti_recon as sol
from astropy.io import fits
#import tkinter as tk
#import time
import PySimpleGUI as sg
SYMBOL_UP = '▲'
SYMBOL_DOWN = '▼'
def collapse(layout, key):
"""
Helper function that creates a Column that can be later made hidden, thus appearing "collapsed"
:param layout: The layout for the section
:param key: Key used to make this seciton visible / invisible
:return: A pinned column that can be placed directly into your layout
:rtype: sg.pin
"""
return sg.pin(sg.Column(layout, key=key))
def UI_SerBrowse (WorkDir):
"""
Parameters
----------
WorkDir : TYPE string
repertoire par defaut à l'ouverture de la boite de dialogue
Returns
-------
Filenames : TYPE string
liste des fichiers selectionnés, avec leur extension et le chemin complet
Shift : Type string
Ecart en pixel demandé pour reconstruire le disque
sur une longeur d'onde en relatif par rapport au centre de la raie
ratio_fixe : ratio Y/X en fixe, si egal à zéro alors calcul automatique
flag_isplay: affiche ou non la construction du disque en temps réel
"""
sg.theme('Dark2')
sg.theme_button_color(('white', '#500000'))
section1 = [
[sg.Checkbox('Affiche reconstruction en direct', default=False, key='-DISP-')],
[sg.Checkbox('Ne sauve pas fichiers fits intermédiaires ', default=True, key='-SFIT-')],
[sg.Text('Ratio SY/SX (auto:0, fixe: valeur differente de zero) ', size=(45,1)), sg.Input(default_text='0', size=(5,1),key='-RATIO-')],
[sg.Text('Angle Tilt en degrés (auto:0, fixe: valeur differente de zero) ', size=(45,1)), sg.Input(default_text='0', size=(5,1),key='-TILT-')]
]
layout = [
[sg.Text('Nom du fichier', size=(15, 1)), sg.InputText(default_text='',size=(65,1),key='-FILE-'),
sg.FilesBrowse('Open',file_types=(("SER Files", "*.ser"),),initial_folder=WorkDir)],
#[sg.Checkbox('Sauve uniquement fits _recon et _clahe ', default=True, key='-SFIT-')],
#### Section 1 part ####
[sg.T(SYMBOL_UP, enable_events=True, k='-OPEN SEC1-', text_color='white'), sg.T('Advanced', enable_events=True, text_color='white', k='-OPEN SEC1-TEXT')],
[collapse(section1, '-SEC1-')],
#[sg.Text('Ratio SY/SX (auto:0, fixe: valeur differente de zero) ', size=(45,1)), sg.Input(default_text='0', size=(5,1),key='-RATIO-')],
#[sg.Text('Angle Tilt en degrés (auto:0, fixe: valeur differente de zero) ', size=(45,1)), sg.Input(default_text='0', size=(5,1),key='-TILT-')],
[sg.Text('Decalage pixel',size=(15,1)),sg.Input(default_text='0',size=(5,1),key='-DX-',enable_events=True)],
[sg.Button('Ok', size=(14,1)), sg.Cancel()],
[sg.Text('Inti V3.0.1 by V.Desnoux et.al. ', size=(30, 1),text_color='Tan', font=("Arial", 8, "italic"))]
]
window = sg.Window('Processing', layout, finalize=True)
opened1 = False
window['-SEC1-'].update(visible=opened1)
window['-FILE-'].update(WorkDir)
window.BringToFront()
while True:
event, values = window.read()
if event==sg.WIN_CLOSED or event=='Cancel':
break
if event=='Ok':
break
if event.startswith('-OPEN SEC1-'):
opened1 = not opened1
window['-OPEN SEC1-'].update(SYMBOL_DOWN if opened1 else SYMBOL_UP)
window['-SEC1-'].update(visible=opened1)
window.close()
FileNames=values['-FILE-']
if FileNames==None :
FileNames=''
Shift=values['-DX-']
flag_display=values['-DISP-']
#flag_display=False
ratio_fixe=float(values['-RATIO-'])
sfit_onlyfinal=values['-SFIT-']
#sfit_onlyfinal=False
ang_tilt=values['-TILT-']
return FileNames, Shift, flag_display, ratio_fixe, sfit_onlyfinal,ang_tilt
"""
-------------------------------------------------------------------------------------------
Program starts here !
--------------------------------------------------------------------------------------------
"""
# inti.ini is a bootstart file to read last directory used by app
# this file is stored in the module directory
try:
mydir_ini=os.path.dirname(sys.argv[0])+'/inti.ini'
#print('mon repertoire : ', mydir_ini)
with open(mydir_ini, "r") as f1:
param_init = f1.readlines()
WorkDir=param_init[0]
except:
WorkDir=''
# Recupere paramatres de la boite de dialogue
serfiles, Shift, flag_display, ratio_fixe, sfit_onlyfinal, ang_tilt = UI_SerBrowse(WorkDir)
serfiles=serfiles.split(';')
# pour gerer la tempo des affichages des images resultats dans cv2.waitKey
# si plusieurs fichiers à traiter
if len(serfiles)==1:
tempo=60000 #tempo 60 secondes, pour no tempo mettre tempo=0 et faire enter pour terminer
else:
tempo=1000 #temp 1 sec
# boucle sur la liste des fichers
for serfile in serfiles:
#print (serfile)
if serfile=='':
sys.exit()
WorkDir=os.path.dirname(serfile)+"/"
os.chdir(WorkDir)
base=os.path.basename(serfile)
basefich=os.path.splitext(base)[0]
if base=='':
print('erreur nom de fichier : ',serfile)
sys.exit()
# met a jour le repertoire si on a changé dans le fichier ini
try:
with open(mydir_ini, "w") as f1:
f1.writelines(WorkDir)
except:
pass
# appel au module d'extraction, reconstruction et correction
#
# basefich: nom du fichier ser sans extension et sans repertoire
# dx: decalage en pixel par rapport au centre de la raie
try:
Shift=int(Shift)
except:
Shift=0
frame, header, cercle=sol.solex_proc(serfile,Shift,flag_display,ratio_fixe,sfit_onlyfinal,ang_tilt)
#t0=time.time()
base=os.path.basename(serfile)
basefich='_'+os.path.splitext(base)[0]
if Shift != 0 :
#add shift value in filename to not erase previous file
basefich=basefich+'_dp'+str(Shift) # ajout '_' pour avoir fichier en tete dans explorer/finder
ih=frame.shape[0]
newiw=frame.shape[1]
top_w=0
left_w=0
tw=180
lw=32
# my screensize is 1536x864 - harcoded as tk.TK() produces an error in spyder
# plus petit for speed up
screensizeH = (864-50) - (3*lw)
screensizeW = (1536)-(3*tw)
# gere reduction image png
nw = screensizeW/newiw
nh = screensizeH/ih
sc=min(nw,nh)
if sc >= 1 :
sc = 1
# Lecture et affiche image disque brut
ImgFile=basefich+'_raw.fits'
hdulist = fits.open(ImgFile, memmap=False)
hdu=hdulist[0]
myspectrum=hdu.data
rih=hdu.header['NAXIS2']
riw=hdu.header['NAXIS1']
Disk=np.reshape(myspectrum, (rih,riw))
Ratio_lum=(65536/np.max(Disk))*0.8
Disk2=np.array((np.copy(Disk)*Ratio_lum),dtype='uint16')
hdulist.close()
# prepare fenetres pour affichage des images
cv2.namedWindow('Raw', cv2.WINDOW_NORMAL)
cv2.moveWindow('Raw', top_w, left_w)
cv2.resizeWindow('Raw', (int(riw*sc), int(rih*sc)))
top_w=top_w+tw
left_w=left_w+lw
cv2.namedWindow('contrast', cv2.WINDOW_NORMAL)
cv2.moveWindow('contrast', top_w, left_w)
cv2.resizeWindow('contrast', (int(newiw*sc), int(ih*sc)))
top_w=top_w+tw
left_w=left_w+lw
cv2.namedWindow('protus', cv2.WINDOW_NORMAL)
cv2.moveWindow('protus', top_w, left_w)
cv2.resizeWindow('protus', (int(newiw*sc), int(ih*sc)))
top_w=top_w+tw
left_w=left_w+lw
cv2.namedWindow('clahe', cv2.WINDOW_NORMAL)
cv2.moveWindow('clahe', top_w, left_w)
cv2.resizeWindow('clahe',(int(newiw*sc), int(ih*sc)))
# create a CLAHE object (Arguments are optional)
#clahe = cv2.createCLAHE(clipLimit=0.8, tileGridSize=(5,5))
clahe = cv2.createCLAHE(clipLimit=0.8, tileGridSize=(2,2))
cl1 = clahe.apply(frame)
# png image generation
# image leger seuils
frame1=np.copy(frame)
Seuil_bas=np.percentile(frame, 25)
Seuil_haut=np.percentile(frame,99.9999)
frame1[frame1>Seuil_haut]=Seuil_haut
#print('seuil bas', Seuil_bas)
#print('seuil haut', Seuil_haut)
fc=(frame1-Seuil_bas)* (65000/(Seuil_haut-Seuil_bas))
fc[fc<0]=0
frame_contrasted=np.array(fc, dtype='uint16')
#cv2.imshow('sun',frame_contrasted)
#cv2.waitKey(0)
# image raw
cv2.imshow('Raw',Disk2)
# image seuils serres
frame1=np.copy(frame)
sub_frame=frame1[5:,:-5]
Seuil_haut=np.percentile(sub_frame,99.999)
Seuil_bas=(Seuil_haut*0.25)
#print('seuil bas HC', Seuil_bas)
#print('seuil haut HC', Seuil_haut)
frame1[frame1>Seuil_haut]=Seuil_haut
fc2=(frame1-Seuil_bas)* (65500/(Seuil_haut-Seuil_bas))
fc2[fc2<0]=0
frame_contrasted2=np.array(fc2, dtype='uint16')
cv2.imshow('contrast',frame_contrasted2)
#cv2.waitKey(0)
if 2==1: #improvements suggested by mattC to hide sun with disk
# image seuils protus original
frame1=np.copy(frame)
Seuil_haut=np.percentile(frame1,99.9999)*0.18
Seuil_bas=0
#print('seuil bas protu', Seuil_bas)
#print('seuil haut protu', Seuil_haut)
frame1[frame1>Seuil_haut]=Seuil_haut
fc2=(frame1-Seuil_bas)* (65000/(Seuil_haut-Seuil_bas))
fc2[fc2<0]=0
frame_contrasted3=np.array(fc2, dtype='uint16')
#calcul du disque noir pour mieux distinguer les protuberances
if cercle[0]!=0:
x0=cercle[0]
y0=cercle[1]
wi=round(cercle[2]*0.998)
he=round(cercle[3]*0.998)
r=int(min(wi,he)-3)
r=int(r-round(0.002*r))
#c=(0,0,0)
frame_contrasted3=cv2.circle(frame_contrasted3, (x0,y0),r,80,-1,lineType=cv2.LINE_AA)
#frame_contrasted3=cv2.ellipse(frame_contrasted3, (x0,y0),(wi,he),0,0,360,(0,0,0),-1,lineType=cv2.LINE_AA ) #MattC apply tilt, change color to black
cv2.imshow('protus',frame_contrasted3)
#cv2.waitKey(0)
else:
# hide disk before setting max threshold
disk_limit_percent=0.01 # black disk radius inferior by 1% to disk edge
frame2=np.copy(frame)
if cercle[0]!=0:
x0=cercle[0]
y0=cercle[1]
wi=round(cercle[2])
he=round(cercle[3])
r=(min(wi,he))
r=int(r- round(r*disk_limit_percent))
# prefer to really see deviation from circle
frame_contrasted3=cv2.circle(frame2, (x0,y0),r,80,-1,lineType=cv2.LINE_AA)
#frame2=cv2.ellipse(frame2, (x0,y0),(wi,he),0,0,360,(0,0,0),-1,lineType=cv2.LINE_AA ) #MattC draw ellipse, change color to black
frame1=np.copy(frame2)
Threshold_Upper=np.percentile(frame1,99.9999)*0.75 #preference for high contrast
Threshold_low=0
#print('Threshold Lower prom', Threshold_low)
#print('Threshold Upper prom', Threshold_Upper)
frame1[frame1>Threshold_Upper]=Threshold_Upper
fc2=(frame1-Threshold_low)* (65000/(Threshold_Upper-Threshold_low))
fc2[fc2<0]=0
frame_contrasted3=np.array(fc2, dtype='uint16')
cv2.imshow('protus',frame_contrasted3)
Seuil_bas=np.percentile(cl1, 25)
Seuil_haut=np.percentile(cl1,99.9999)*1.05
cc=(cl1-Seuil_bas)*(65000/(Seuil_haut-Seuil_bas))
cc[cc<0]=0
cc=np.array(cc, dtype='uint16')
cv2.imshow('clahe',cc)
#sauvegarde en png disk quasi sans seuillage
cv2.imwrite(basefich+'_raw.png',Disk2)
#sauvegarde en png disk quasi seuils max
cv2.imwrite(basefich+'_disk.png',frame_contrasted)
#sauvegarde en png seuils serrés
cv2.imwrite(basefich+'_diskHC.png',frame_contrasted2)
#sauvegarde en png seuils protus
cv2.imwrite(basefich+'_protus.png',frame_contrasted3)
#sauvegarde en png de clahe
cv2.imwrite(basefich+'_clahe.png',cc)
"""
#create colormap
im = cv2.imread(basefich+'_clahe.png')
im_max=(np.amax(im))*1.3
im[im>im_max]=200
#print ('im_max : ',im_max)
scale=255/im_max
imnp=np.array(im*scale, dtype='uint8')
imC = cv2.applyColorMap(imnp, cv2.COLORMAP_HOT)
iw=int(imC.shape[1]*sc)
ih=int(imC.shape[0]*sc)
cv2.resize(imC,dsize=(ih,iw))
cv2.namedWindow('color', cv2.WINDOW_NORMAL)
cv2.resizeWindow('color', iw, ih)
top_w=top_w+tw
left_w=left_w+lw
cv2.moveWindow('color',top_w, left_w)
cv2.imshow('color',imC)
cv2.waitKey(tempo)
cv2.imwrite(basefich+'_color.png',imC)
"""
#t1=time.time()
#print('affichage : ', t1-t0)
cv2.waitKey(tempo)
#sauvegarde le fits
frame2=np.copy(frame)
frame2=np.array(cl1, dtype='uint16')
DiskHDU=fits.PrimaryHDU(frame2,header)
DiskHDU.writeto(basefich+'_clahe.fits', overwrite='True')
cv2.destroyAllWindows()
"""
not really useful, too small, better to use png or fits
and strange message on spyder when UI display "can't invoke "event" command"
seems to be linked to tk (procedure "ttk::ThemeChanged" line 6)
# ajout de feuille de summary
screen = tk.Tk()
screensize = screen.winfo_screenwidth(), screen.winfo_screenheight()
screen.destroy()
im_1= cv2.hconcat([frame_contrasted, frame_contrasted2])
im_2=cv2.hconcat([frame_contrasted3, cc])
im=cv2.vconcat([im_1,im_2])
scale=min(screensize[0]/im.shape[1], screensize[1]/im.shape[0])
cv2.namedWindow('summary', cv2.WINDOW_NORMAL)
cv2.moveWindow('summary', 0,0)
cv2.resizeWindow('summary', int(im.shape[1]*scale), int(im.shape[0]*scale))
cv2.imshow('summary', im)
#sauvegarde en png pour appliquer une colormap par autre script
cv2.imwrite(basefich+'_summary.png',im)
cv2.waitKey(tempo)
cv2.destroyAllWindows()
"""
print (serfile)
print()