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title: 'Tarea Autodock 4.2'
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## Acoplamiento molecular con Autodock4.2
1. **<mark>Descarga</mark> las siguientes moléculas:**
| Receptor | Ligando |
| :-----------: | :--------: |
| [prot_U.pdb](https://raw.githubusercontent.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/master/resurces/docking/prot_U.pdb) | [lig_U.pdb](https://raw.githubusercontent.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/master/resurces/docking/lig_U.pdb) |
| [prot_W.pdb](https://raw.githubusercontent.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/master/resurces/docking/prot_W.pdb) | [lig_W.pdb](https://raw.githubusercontent.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/master/resurces/docking/lig_W.pdb) |
1. **Realiza el acoplamiento molecular entre los pares correspondientes, `prot_U` con `lig_U` y `prot_W` con `lig_W`, utiliando Autodock4.2**
1. Realiza las conversiones y preparaciones necesarias de ambas moléculas.
2. Identifica la que consideres la mejor cavidad de la proteína para el acoplamiento. Usa [CASTp](http://sts.bioe.uic.edu/castp/index.html?4jii) de ser necesario.
3. Define tú mismo el espácio de búsqueda estableciendo el tamaño y posición del grid.
2. **Usa los <mark>siguientes parámetros</mark> para llevar a cabo el docking con cada una de las moléculas:**
1. Número de evaluaciones del algoritmo genético lamarckiano = `2500000` (2.5 millones)
2. Número de corridas de docking = `30`
3. Modelo de la función de scoring = `bound`
3. **Utiliza la base de datos [BindigDB](https://www.bindingdb.org/), en la sección *Compound > Chemical Structure* para buscar información sobre los dos ligandos `lig_U` y `lig_W`.**
1. Tendrás que utilizar la búsqueda mediante SMILES (¿Cómo conviertes tu archivo `pdb` a `SMILES`?)
2. Procura generar el SMILES de la molécula sin los átomos de hidrógeno.
3. Pega únicamente el SMILES en el cuadro de texto que pone `More SMILES or InChI` para realizar la búsqueda por similitud del ligando en la base de datos.
4. De la tabla de resultados, identifíca la(s) molécula(s) con mayor similitud (`similarity=1.0`). Identifica aquellas que reporten un valor de `Kd` y anota el mejor `Kd` disponible tanto para `lig_U` como para `lig_W`.
### Reporte de Resultados
1. 🚨 🚨 🚨 **En un <mark>archivo excel</mark> ([plantilla](https://github.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/raw/master/resurces/docking/Reporte_Docking_AD4_TSSB.xlsx)), reporta los siguientes campos (cada campo es una fila):**
1. **Sobre la molécula:**
1. Nombre del ligando:
2. Número de hidrógenos:
3. Número de hidrógenos polares:
4. Número de átomos:
5. Número de enlaces rotables:
6. Tipos de átomo del ligando:
2. **Sobre los parámetros del acoplamiento molecular:**
1. Dimensiones del grid (x, y, z):
2. Posición del centro del grid (x, y, z):
3. Espaciado del grid (Å):
3. **Sobre los resultados del mejor acoplamiento:**
1. Energía libre de unión predicha por AD4:
2. RMSD de la pose con respecto a la conformación inicial:
3. Componente de energía electrostática:
4. Componente de E de vdW:
5. Componente de E de enlaces de hidrógeno:
6. Eficiencia del ligando:
7. Número de enlaces de hidrógeno con la proteína:
8. Residuos de la proteína con los que forma enlaces de hidrógeno:
4. **Sobre la constante de disociación experimental reportada por [BindinbDB](https://www.bindingdb.org/)**
1. Kd experimental:
2. Constante de inhibición:
2. **Añade al excel del ligando acoplado a la cavidad de la proteína, mostrando los residuos con los que establece enlaces de hidrógeno.**
1. Puedes usar UCSF Chimera o AD4
3. 🚨 🚨 🚨 **Enviar únicamente el archivo excel por mensaje personal a mi cuenta (Joel Ricci) en el Slack del grupo.**
4. <mark>Fecha límite de envío es el día viernes 11 de marzo a las 23:59 horas.</mark>
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## Recursos
1. Explora los resultados usando AutoDockTools:
1. Tutorial usando la interfaz de [AutoDockTools](https://www.moodle.is.ed.ac.uk/pluginfile.php/87431/mod_resource/content/1/2012_ADTtut.pdf)
2. [Video Tutorial](https://www.youtube.com/watch?v=0bj7tImWXSc "Docking desde cero. Tutorial AutodockTools")
2. Explora los resultados usando Chimera
1. [Herramienta de análisis de Chimera](https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/viewdock/framevd.html).
2. [ViewDock Tutorial](https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/tutorials/vdtut.html)