Dendropy object changes internal state on tab completion

[emilydolson]

• alifedata-phyloinformatics-convert version: 0.6.0
• Python version: 3.7.3
• Operating System: Pop_os

Description

I'm assuming this is actually a Dendropy bug but it's very relevant to our purposes and I haven't investigated it enough to open an issue there so I'm just noting it here for now.

I know this sounds completely ridiculous but I've replicated it multiple times. When working at the interactive python prompt, using tab autocompletion on a dendropy object built with alifedata-phyloinformatics-convert changes the contents of the tree. I'm not positive about this, but I think it might remove all non-branching edges (which is actually kind of convenient because that's what I was about to try to do, but also it doesn't seem like a reliable way to achieve that).

What I Did

>> random_df = pd.read_csv("repos/hereditary-stratigraph-concept/phylogeny_visualizations/nk_randomselection_seed7_pop100_mut.01_snapshot_5000.csv")
>> random_tree = apc.alife_dataframe_to_dendropy_tree(random_df)
>> random_tree.as_string("newick")
'((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((()),((,())),(((),()))))),(((((()))))))))))))))))))))))))))),(((((((((((((((((((((((((((,()),((())))))))))))),((((((((())),((((()))),((),(())))),(((((),,(),(,,)))),((((()),(((())))))))))))))))),(((((((((((((((((())),(()))))),(((,,,),(,),()))))))))))),(((((((((((((((()),((,()))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))),((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((())))))),((((((,((()),(,,)),(()))))))))),(((((((((((,))),((,()))))),((((((((,(())),((,)))))))))))))))),(((((((((((,),(,),(())))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))),(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((,((),()),((),)),(()))))))))),(((((((((,)))))))))))))))))),(((((((((((((((),(,)))))),(((((((((()))),(((())))),((((()))))))))),((((((((((()))))))))))))))),(((((((((((((())))))))))))))))))))))))))))),((((((((((((((((((((((((((((((((())),()),(((()))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))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>> random_tree.  # Hit tab complete after typing this
>>> random_tree.as_string("newick")
'(((((,(,),(,)),),((((,),),((,(,(,))),((,,,(,,)),(,)))),(((,),((,,,),(,),)),(,(,))))),(((,(,(,(,,)),)),(((,),(,)),((,),(,)))),((,),(,),))),(((((,(,),(,)),),(,)),(((,(,)),((,),),),)),((,),)));\n'

[mmore500]

We should keep this open until dendropy issues a fix & then bump our dendropy pin before closing. Comment back here when you hear from them!

[emilydolson]

I just opened an issue: jeetsukumaran/DendroPy#141. That said, in doing the necessary legwork to open the issue, I discovered that this bug doesn't seem to occur with newer versions of Python, so it may be less urgent.

[mmore500]

👍