Tripeptide-single-amino-acid-database-generator

A script to generate a tripeptide database. At present, the amino acids of tripeptides produced are not complete

一个基于已有的PDB文件构建三肽数据库的脚本，生成的三肽均已经加氢。

安装

Anaconda安装modeller模块

conda config --add channels salilab

conda install modeller

Anaconda安装biopython模块

conda install biopython

使用方法

1. 在脚本目录内创建一个data文件，里面放入pdb文件，用于做数据库

2. 在命令行界面输入命令：

命令： python 3AminoCsvCreator.py

即可开始生成三肽数据库

所需要的文件示例：

在此过程中会生成巨量的文件，只需要这些就行了。

在pymol上显示生成的三肽：

三肽已经加氢。

3. 检查有无遗漏的三肽文件：

在这里提供了checkLostAmino.py脚本用于检查有无遗漏的三肽，理论上来讲，生成的三肽总数是有8000个文件

新建一个3AminoDataBase文件夹，将生成的三肽文件放进去，然后在命令行界面运行checkLostAmino.py脚本即可

命令： python checkLostAmino.py

效果：