ProyectoFinalBioinf2018-II

En este repositorio se encuentran los datos necesarios para llevar a cabo un análisis de ensamblado de novo de secuencias de siete genes constitutivos de 69 cepas bacterianas. Este repositorio contiene las siguientes carpetas:

• data : En este subdirectorio se encuentra una carpeta llamada "Base de datos Acinetobacter baumannii"; la cual contiene los datos clínicos de cada una de las cepas que se utilizaron en este estudio. Asi mismo, se encuentra una carpeta llamada "Datos-crudos" , donde se encuentran los datos en formato FASTQ. La carpeta "Datos procesados", contiene los análisis que se realizaron para determnar la calidad de las secuencias; asi mismo, se encuentra un archivo en formato excel , donde se muestra los resultados del análisis de la calidad de las secuencias.

• bin : En este subdirectorio se encuentran los scripts necesarios para realizar el análisis de las secuencias. Es decir, se describe como se llevó a cabo el análisis de la calidad de las secuencias; también se muestran los scripts necesarios para llevar a cabo el ensamblaje de secuencias y la evaluación del ensamblaje.

• figures :

En inglés...

In this repository are found the necessary data to carry out a de novo sequencing of the sequences of seven housekeeping genes of 69 bacterial strains. This repository contains the following folders:

• data : In this subdirectory there is a folder called "Acinetobacter baumannii Database"; which contains the clinical data of each of the strains that were used in this study. Furthermore, there is a folder called "Crude Data", where the data is in FASTQ format. The "Processed data" folder contains the analyzes that were carried out to determine the quality of the sequences; also, there is a file in excel format, which shows the results of the analysis of the quality of the sequences.

• bin : This subdirectory contains the necessary scripts to analyze the sequences; that is, it describes how the analysis of the quality of the sequences was carried out; the scripts necessary to carry out the assembly of sequences and the evaluation of the assembly are also shown.