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microgenlab/spikeseq

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Fast and cost-effective SARS-CoV-2 variant detection using Oxford Nanopore full-length spike gene sequencing

Cecilia Salazar1,2,#, Ferrés Ignacio1,2, Mercedes Paz2,3,4, Alicia Costábile2,,3,4,5, Gonzalo Moratorio2,3,4, Pilar Moreno2,3,4, Gregorio Iraola1,2,6,7,#

1 Laboratorio de Genómica Microbiana. Institut Pasteur de Montevideo. Uruguay 2 Centro de Innovación en Vigilancia Epidemiológica, Institut Pasteur de Montevideo. Uruguay 3 Laboratorio de Evolución Experimental de Virus, Institut Pasteur de Montevideo. Uruguay 4 Laboratorio de Virología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República. Uruguay 5 Sección Bioquímica, Facultad de Ciencias, Universidad de la República. Uruguay 6 Wellcome Sanger Institute, Hinxton. United Kingdom 7 Centro de Biología Integrativa, Universidad Mayor. Chile #Corresponding authors

R scripts to generate the main figures. Packages:
stringr
dplyr
ggplot2
ggalluvial
ggsignif
ggpubr
gridExtra
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