Merge pull request #11 from pharmaverse/init

first version

.github/workflows/docs.yaml

@@ -0,0 +1,64 @@
+---
+name: Build & Deploy Website
+
+on:
+  workflow_call:
+    secrets:
+      REPO_GITHUB_TOKEN:
+        description: |
+          Github token with write access to the repository
+        required: false
+  workflow_dispatch:
+  push:
+    branches:
+      - main
+  schedule:
+    - cron: "10 10 * * *"
+
+jobs:
+  build-deploy:
+    name: Build & Deploy Website
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - name: Check out repository
+        uses: actions/checkout@v3
+
+      - name: Cache artifacts
+        uses: actions/cache@v3
+        with:
+          path: _freeze
+          key: ${{ runner.os }}-examples
+
+      - name: Set up Quarto
+        uses: quarto-dev/quarto-actions/setup@v2
+
+      - name: Setup R
+        uses: r-lib/actions/setup-r@v2
+
+      - name: Setup R Dependencies
+        uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
+
+      - name: Render Quarto Project
+        uses: quarto-dev/quarto-actions/render@v2
+        with:
+          to: html
+
+      - name: Create artifact
+        if: startsWith(github.ref, 'refs/tags/v')
+        run: |
+          zip -r9 site.zip *
+        shell: bash
+        working-directory: _site
+
+      - name: Upload docs
+        if: startsWith(github.ref, 'refs/tags/v')
+        uses: actions/upload-artifact@v3
+        with:
+          name: site.zip
+          path: site.zip
+
+      - name: Publish docs
+        uses: peaceiris/actions-gh-pages@v3
+        with:
+          github_token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
+          publish_dir: ./_site

.gitignore

@@ -0,0 +1,9 @@
+/.quarto/
+_cache
+cache
+*_cache
+*_files
+_freeze
+_site
+site_libs
+.DS_Store

DESCRIPTION

@@ -0,0 +1,15 @@
+Package: pharmaverse.examples
+Type: Book
+Title: Pharmaverse Examples
+Version: 0.1
+Authors@R:
+    person("Pawel", "Rucki", , "pawel.rucki@roche.com", role = c("aut", "cre"))
+Description: This is not a package, but we just use this file to declare
+    the dependencies of the site.
+URL: https://github.com/pharmaverse/examples
+Imports:
+    dplyr
+Suggests:
+    knitr,
+    rmarkdown
+Encoding: UTF-8

_quarto.yml

@@ -0,0 +1,83 @@
+project:
+  type: website
+  preview:
+    port: 4200
+    browser: true
+    watch-inputs: true
+    navigate: true
+    timeout: 300
+
+website:
+  title: "`pharmaverse` examples"
+  image: assets/img/pharmaverse.png
+  open-graph: true
+  favicon: assets/img/pharmaverse.png
+  search:
+    location: navbar
+    type: overlay
+    copy-button: true
+  page-navigation: true
+  reader-mode: true
+  site-url: https://github.com/pharmaverse/examples
+  repo-url: https://github.com/pharmaverse/examples
+  repo-branch: main
+  cookie-consent: true
+  navbar:
+    pinned: true
+    collapse: false
+    background: primary
+    search: true
+    right:
+      - icon: house
+        href: https://pharmaverse.org
+        aria-label: pharmaverse
+      - icon: slack
+        href: https://app.slack.com/client/T028PB489D3/
+        aria-label: Slack
+      - icon: github
+        href: https://github.com/pharmaverse/examples
+        aria-label: Repository
+  sidebar:
+    - id: sidebar
+      style: docked
+      collapse-level: 1
+      logo: assets/img/pharmaverse.png
+      border: true
+      contents:
+        - file: index.qmd
+          text: Introduction
+        - text: "---"
+        - auto: sdtm
+        - auto: adam
+        - auto: tlg
+        - text: "---"
+        - file: session.qmd
+
+format:
+  html:
+    search: true
+    theme:
+      light:
+        - flatly
+      dark:
+        - darkly
+    anchor-sections: true
+    smooth-scroll: true
+    code-link: true
+    code-fold: true
+    code-overflow: scroll
+    code-line-numbers: true
+    code-copy: true
+    code-tools:
+      source: true
+      toggle: false
+      caption: none
+    code-block-bg: true
+    code-block-border-left: "#1482FA"
+    css: assets/css/style.scss
+    number-sections: false
+    lang: en-US
+    page-layout: full
+
+
+

adam/index.qmd

@@ -0,0 +1,3 @@
+---
+title: "ADAM"
+---

adam/test.qmd

@@ -0,0 +1,9 @@
+---
+title: "test"
+---
+
+Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus porttitor nulla ac libero varius pellentesque. Mauris at nisi a sapien commodo aliquet. Nulla sit amet magna vitae ante vestibulum semper. Integer hendrerit sem diam, et suscipit enim rhoncus vel. Mauris id feugiat est. Duis condimentum sagittis mattis. Donec vel varius elit. Fusce tristique et risus quis fermentum. Maecenas cursus congue tristique. Phasellus odio sapien, placerat vitae mattis nec, sagittis in libero. Praesent vitae congue est. Morbi a odio non ex gravida commodo sed eleifend nibh.
+
+Curabitur vitae nibh sit amet turpis viverra consequat. Sed egestas urna ac magna rhoncus viverra. Pellentesque id consequat purus. Ut ullamcorper, elit at pretium pellentesque, neque elit blandit diam, ut vehicula lectus enim fringilla dolor. Ut eget ante dui. Mauris vel dignissim nunc. Integer eget vehicula tellus. Etiam dignissim bibendum massa nec porta. Phasellus vehicula id lorem vitae commodo.
+
+Maecenas iaculis eros ut velit egestas sodales. Curabitur dapibus felis nulla, vel lobortis ante rutrum lacinia. Nam turpis arcu, scelerisque faucibus luctus eget, pellentesque ut nisl. Donec mollis justo vitae tincidunt consectetur. Donec malesuada non tortor eget ullamcorper. Mauris pulvinar imperdiet dolor ac elementum. Vestibulum malesuada in est non pulvinar.

index.qmd

@@ -0,0 +1,9 @@
+---
+title: "`pharmaverse` examples"
+---
+
+Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus porttitor nulla ac libero varius pellentesque. Mauris at nisi a sapien commodo aliquet. Nulla sit amet magna vitae ante vestibulum semper. Integer hendrerit sem diam, et suscipit enim rhoncus vel. Mauris id feugiat est. Duis condimentum sagittis mattis. Donec vel varius elit. Fusce tristique et risus quis fermentum. Maecenas cursus congue tristique. Phasellus odio sapien, placerat vitae mattis nec, sagittis in libero. Praesent vitae congue est. Morbi a odio non ex gravida commodo sed eleifend nibh.
+
+Curabitur vitae nibh sit amet turpis viverra consequat. Sed egestas urna ac magna rhoncus viverra. Pellentesque id consequat purus. Ut ullamcorper, elit at pretium pellentesque, neque elit blandit diam, ut vehicula lectus enim fringilla dolor. Ut eget ante dui. Mauris vel dignissim nunc. Integer eget vehicula tellus. Etiam dignissim bibendum massa nec porta. Phasellus vehicula id lorem vitae commodo.
+
+Maecenas iaculis eros ut velit egestas sodales. Curabitur dapibus felis nulla, vel lobortis ante rutrum lacinia. Nam turpis arcu, scelerisque faucibus luctus eget, pellentesque ut nisl. Donec mollis justo vitae tincidunt consectetur. Donec malesuada non tortor eget ullamcorper. Mauris pulvinar imperdiet dolor ac elementum. Vestibulum malesuada in est non pulvinar.

sdtm/index.qmd

@@ -0,0 +1,3 @@
+---
+title: "SDTM"
+---

sdtm/test.qmd

@@ -0,0 +1,9 @@
+---
+title: "test"
+---
+
+Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus porttitor nulla ac libero varius pellentesque. Mauris at nisi a sapien commodo aliquet. Nulla sit amet magna vitae ante vestibulum semper. Integer hendrerit sem diam, et suscipit enim rhoncus vel. Mauris id feugiat est. Duis condimentum sagittis mattis. Donec vel varius elit. Fusce tristique et risus quis fermentum. Maecenas cursus congue tristique. Phasellus odio sapien, placerat vitae mattis nec, sagittis in libero. Praesent vitae congue est. Morbi a odio non ex gravida commodo sed eleifend nibh.
+
+Curabitur vitae nibh sit amet turpis viverra consequat. Sed egestas urna ac magna rhoncus viverra. Pellentesque id consequat purus. Ut ullamcorper, elit at pretium pellentesque, neque elit blandit diam, ut vehicula lectus enim fringilla dolor. Ut eget ante dui. Mauris vel dignissim nunc. Integer eget vehicula tellus. Etiam dignissim bibendum massa nec porta. Phasellus vehicula id lorem vitae commodo.
+
+Maecenas iaculis eros ut velit egestas sodales. Curabitur dapibus felis nulla, vel lobortis ante rutrum lacinia. Nam turpis arcu, scelerisque faucibus luctus eget, pellentesque ut nisl. Donec mollis justo vitae tincidunt consectetur. Donec malesuada non tortor eget ullamcorper. Mauris pulvinar imperdiet dolor ac elementum. Vestibulum malesuada in est non pulvinar.

session.qmd

@@ -0,0 +1,7 @@
+---
+title: "Session Info"
+---
+
+```{r sessioninfo, message=FALSE}
+sessionInfo()
+```

styles.css

@@ -0,0 +1 @@
+/* css styles */

tlg/index.qmd

@@ -0,0 +1,9 @@
+---
+title: "TLG"
+---
+
+Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus porttitor nulla ac libero varius pellentesque. Mauris at nisi a sapien commodo aliquet. Nulla sit amet magna vitae ante vestibulum semper. Integer hendrerit sem diam, et suscipit enim rhoncus vel. Mauris id feugiat est. Duis condimentum sagittis mattis. Donec vel varius elit. Fusce tristique et risus quis fermentum. Maecenas cursus congue tristique. Phasellus odio sapien, placerat vitae mattis nec, sagittis in libero. Praesent vitae congue est. Morbi a odio non ex gravida commodo sed eleifend nibh.
+
+Curabitur vitae nibh sit amet turpis viverra consequat. Sed egestas urna ac magna rhoncus viverra. Pellentesque id consequat purus. Ut ullamcorper, elit at pretium pellentesque, neque elit blandit diam, ut vehicula lectus enim fringilla dolor. Ut eget ante dui. Mauris vel dignissim nunc. Integer eget vehicula tellus. Etiam dignissim bibendum massa nec porta. Phasellus vehicula id lorem vitae commodo.
+
+Maecenas iaculis eros ut velit egestas sodales. Curabitur dapibus felis nulla, vel lobortis ante rutrum lacinia. Nam turpis arcu, scelerisque faucibus luctus eget, pellentesque ut nisl. Donec mollis justo vitae tincidunt consectetur. Donec malesuada non tortor eget ullamcorper. Mauris pulvinar imperdiet dolor ac elementum. Vestibulum malesuada in est non pulvinar.

tlg/test.qmd

@@ -0,0 +1,9 @@
+---
+title: "test"
+---
+
+Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus porttitor nulla ac libero varius pellentesque. Mauris at nisi a sapien commodo aliquet. Nulla sit amet magna vitae ante vestibulum semper. Integer hendrerit sem diam, et suscipit enim rhoncus vel. Mauris id feugiat est. Duis condimentum sagittis mattis. Donec vel varius elit. Fusce tristique et risus quis fermentum. Maecenas cursus congue tristique. Phasellus odio sapien, placerat vitae mattis nec, sagittis in libero. Praesent vitae congue est. Morbi a odio non ex gravida commodo sed eleifend nibh.
+
+Curabitur vitae nibh sit amet turpis viverra consequat. Sed egestas urna ac magna rhoncus viverra. Pellentesque id consequat purus. Ut ullamcorper, elit at pretium pellentesque, neque elit blandit diam, ut vehicula lectus enim fringilla dolor. Ut eget ante dui. Mauris vel dignissim nunc. Integer eget vehicula tellus. Etiam dignissim bibendum massa nec porta. Phasellus vehicula id lorem vitae commodo.
+
+Maecenas iaculis eros ut velit egestas sodales. Curabitur dapibus felis nulla, vel lobortis ante rutrum lacinia. Nam turpis arcu, scelerisque faucibus luctus eget, pellentesque ut nisl. Donec mollis justo vitae tincidunt consectetur. Donec malesuada non tortor eget ullamcorper. Mauris pulvinar imperdiet dolor ac elementum. Vestibulum malesuada in est non pulvinar.