gitignore e readme

.gitignore

@@ -0,0 +1,12 @@
+# Compiled source #
+###################
+*.pyc
+src/__pycache__
+
+# Testing data #
+################
+data/
+
+# OS generated files #
+######################
+.DS_Store

README.md

@@ -0,0 +1,27 @@
+# Methyl-Seq
+
+Bla bla bla
+
+## Features
+
+* Scelta dei cromosomi da sequenziare
+* Scelta della lunghezza dei frammenti
+* Scelta della lunghezza delle read
+* Scelta del tipo di library: single-end o paired-end
+* Scelta della modalità di library: directional o undirectional
+* Metilazione basata sul contesto della citosina
+
+## Options
+
+* --in: path del file FASTA contenente il genoma di riferimento
+* --out: path + prefisso dei file di output (.cpg e .fastq)
+* --meth: path del file .cpg
+* --chr: nomi dei cromosomi da sequenziare
+* --library: tipologia di library: single-end o paired-end
+* --mode: modalità di library: direzionale o non direzionale
+* --fragment: lunghezza dei frammenti
+* --read: lunghezza delle read
+
+## TODO
+1. dataset 1: mutazioni da tecnica + metilazione
+2. dataset 2: SNP (mutazioni su reference) + mutazioni da tecnica + metilazione