Curso ciencia reproducible - Introducción a Git y GitHub. UCA 2023

Responsables:

María Hurtado de Mendoza Romo - INMAR (UCA) & EBD

Sergio Picó Jordá - INMAR (UCA)

Justificación

La ciencia lleva tiempo inmersa en una crisis de reproducibilidad. La presión por publicar favorece la proliferación de malas prácticas que hacen que se multipliquen los estudios en los que es muy difícil o imposible reproducir el proceso de obtención de los resultados, entorpeciendo el avance científico. Como respuesta, surgió el movimiento por una ciencia abierta y reproducible. Esta iniciativa consiste en fomentar una serie de prácticas que aseguren la trazabilidad y reproducibilidad de los resultados, y que cada vez son más frecuentemente requisitos de las revistas y de los organismos que financian las investigaciones.

Objetivos

1. Entender los motivos de la crisis de reproducibilidad en ciencia
2. Conocer los fundamentos de la ciencia reproducible
3. Aprender a usar los elementos básicos de un flujo de trabajo reproducible
4. Aprender el uso básico del control de versión con Git y GitHub

Contenido

1. La crisis de reproducibilidad

2. Ciencia reproducible.

   2.1 Qué es la ciencia reproducible

   2.2 Por qué es necesaria

   2.3 Cómo implementarla

3. El flujo de trabajo reproducible

   3.1 Buenas prácticas con datos y código

   3.2 Control de versión con Git

   3.3 Integración con RStudio y GitHub

   3.4 Redacción de artículos reproducibles

Hora y lugar

5 de octubre de 2023, 9:00 AM
AUL.INF. / B.00.04 PALA B PLANTA BAJA

Referencias y recursos

Rodríguez-Sánchez, F., Pérez-Luque, A.J. Bartomeus, I., Varela, S. 2016. Ciencia reproducible: qué, por qué, cómo. Ecosistemas 25(2): 83-92. Doi

Astigarraga, J., & Cruz-Alonso, V. (2022). ¡Se puede entender cómo funcionan Git y GitHub! Ecosistemas, 31(1), 2332. Doi

Braga, P. H. P., Hébert, K., Hudgins, E. J., Scott, E. R., Edwards, B. P. M., Sánchez Reyes, L. L., Grainger, M. J., Foroughirad, V., Hillemann, F., Binley, A. D., Brookson, C. B., Gaynor, K. M., Shafiei Sabet, S., Güncan, A., Weierbach, H., Gomes, D. G. E., & Crystal-Ornelas, R. (2023). Not just for programmers: How GitHub can accelerate collaborative and reproducible research in ecology and evolution. Methods in Ecology and Evolution, 00, 1–17. Doi

British Ecological Society (2017). A Guide to Reproducible Code in Ecology and Evolution. Link

British Ecological Society (2018). Data Management. Link

Happy git with R. Link